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辞职时公司计算工资通常按照劳动者实际出勤天数和劳动合同约定的工资标准来算，一般是月工资除以月计薪天数得出日工资，再乘以实际出勤天数。若涉及加班、绩效等情况，也需相应计算在内。
在计算辞职时的工资，首先要明确工资的构成部分。通常工资包括基本工资、绩效工资、奖金、加班工资等。对于基本工资，这是相对固定的部分。公司会依据劳动合同中约定的基本工资数额，结合劳动者的实际出勤情况来计算。计算方式一般是先确定月计薪天数，按照我国规定，月计薪天数为 21.75 天。用月基本工资除以 21.75 得到日工资标准，然后乘以劳动者实际出勤的天数，就得出基本工资部分的应发金额。
绩效工资的计算相对复杂一些。它往往与劳动者的工作业绩、工作表现等挂钩。公司会根据预先设定的绩效考核标准，对劳动者在工作期间的表现进行评估，确定绩效系数或者绩效得分，再按照一定的计算方式得出绩效工资数额。例如，绩效工资可能是基本工资的一定比例，根据绩效评估结果进行上下浮动。
如果劳动者在工作期间存在加班情况，加班工资也是工资计算的重要组成部分。加班工资的计算要区分不同的加班情形。在工作日加班，加班工资一般按照不低于劳动者本人小时工资标准的 150%支付；休息日加班且不能安排补休的，按照不低于本人日或小时工资标准的 200%支付；法定休假日加班的，按照不低于本人日或小时工资标准的 300%支付。
一些公司还可能有奖金等其他收入形式。奖金的发放通常根据公司的规定和劳动者的工作成果来确定。如果在劳动者辞职时符合奖金发放条件，公司也应将其计算在工资内一并支付。
公司在计算完各项工资组成部分后，还需按照法律规定扣除相应的税费和社保费用等，最终得出劳动者实际应得的工资数额，并在规定的时间内支付给劳动者。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百一十一条
当事人就有关合同内容约定不明确，依据前条规定仍不能确定的，适用下列规定：
（一）质量要求不明确的，按照强制性国家标准履行；没有强制性国家标准的，按照推荐性国家标准履行；没有推荐性国家标准的，按照行业标准履行；没有国家标准、行业标准的，按照通常标准或者符合合同目的的特定标准履行。
（二）价款或者报酬不明确的，按照订立合同时履行地的市场价格履行；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，依照规定履行。
（三）履行地点不明确，给付货币的，在接受货币一方所在地履行；交付不动产的，在不动产所在地履行；其他标的，在履行义务一方所在地履行。
（四）履行期限不明确的，债务人可以随时履行，债权人也可以随时请求履行，但是应当给对方必要的准备时间。
