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政府部门不发工资一般不能通过劳动仲裁程序解决，而是应当通过申诉、控告等其他途径来处理。
劳动仲裁主要适用于平等主体的用人单位和劳动者之间发生的劳动争议。根据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》第二条规定，劳动仲裁处理的争议包括因确认劳动关系、订立、履行、变更、解除和终止劳动合同等发生的争议，适用范围主要是企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织与劳动者之间，以及国家机关、事业单位、社会团体和与其建立劳动关系的劳动者之间的劳动纠纷。
政府部门的工作人员情况较为特殊。对于公务员，依据《中华人民共和国公务员法》，公务员的工资福利保险等受到该法调整。公务员对涉及本人的工资等人事处理不服的，可以自知道该人事处理之日起三十日内向原处理机关申请复核；对复核结果不服的，可以自接到复核决定之日起十五日内，按照规定向同级公务员主管部门或者作出该人事处理的机关的上一级机关提出申诉；也可以不经复核，自知道该人事处理之日起三十日内直接提出申诉。
对于政府部门中的事业编制人员，他们与单位之间的人事关系受《事业单位人事管理条例》等相关法规调整。事业编制人员如果遇到工资问题，一般通过申诉、人事争议处理等途径解决，人事争议仲裁与劳动仲裁在性质和适用法律上有所不同。
所以，政府部门不发工资通常不在劳动仲裁的受案范围内，相关人员应按照公务员法、事业单位人事管理相关规定等通过相应的申诉、控告等途径来维护自身权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
