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旷工五天自动离职，用人单位扣工资需符合法律规定和公司合法有效的规章制度。单纯以旷工五天自动离职就扣几天工资不一定合法，需结合具体情况判断。
法律层面的规定。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。也就是说，用人单位不能随意克扣劳动者工资，只有在劳动者给单位造成经济损失时，才可以按照规定扣除一定比例工资。
关于旷工与自动离职。旷工是指劳动者未经请假擅自离岗的行为。自动离职是指劳动者不向用人单位打招呼，随意脱离所在工作岗位和所在单位的行为。目前，法律上并没有“自动离职”的概念。一般来说，如果劳动者旷工达到一定天数，用人单位可以依据规章制度解除劳动合同。
公司规章制度的作用。如果用人单位有合法有效的规章制度，明确规定了旷工的处罚措施，且该规章制度经过了民主程序制定，并向劳动者公示，那么在劳动者旷工五天的情况下，用人单位可以按照规章制度进行处理。但即便如此，扣除工资也不能违反法律规定的上限。例如，若劳动者旷工五天并未给单位造成实际经济损失，单位直接扣除五天工资，这种做法可能就不合法。
劳动者的维权途径。如果劳动者认为用人单位扣工资不合法，可以与用人单位协商解决；协商不成的，可以向劳动监察部门投诉，或者申请劳动仲裁，以维护自己的合法权益。用人单位扣工资需有合法依据，不能随意克扣劳动者应得的劳动报酬。
法律依据：
《工资支付暂行规定》 第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
第十八条
各级劳动行政部门有权监察用人单位工资支付的情况。用人单位有下列侵害劳动者合法权益行为的，由劳动行政部门责令其支付劳动者工资和经济补偿，并可责令其支付赔偿金：
（一）克扣或者无故拖欠劳动者工资的；
（二）拒不支付劳动者延长工作时间工资的；
（三）低于当地最低工资标准支付劳动者工资的。
经济补偿和赔偿金的标准，按国家有关规定执行。
