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若工伤认定时公司不配合提交资料，劳动者可自行申请工伤认定，按规定准备相关材料，由自己或其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出申请。后续根据认定结果，享受相应工伤保险待遇，若公司不配合，可通过劳动仲裁、诉讼等法律途径解决。
了解工伤认定申请主体和时间规定很重要。根据《工伤保险条例》，职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。如果用人单位未在规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。而用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
明确自行申请工伤认定所需材料。劳动者需要准备工伤认定申请表，该表可在社会保险行政部门官网下载；与用人单位存在劳动关系（包括事实劳动关系）、人事关系的其他证明材料，如劳动合同、工资发放记录、工作证等；医疗机构诊断证明书、诊断病历等医疗诊断证明或者职业病诊断证明书、职业病诊断鉴定书。
社会保险行政部门受理申请后，会根据需要对申请人提供的证据进行调查核实。用人单位、工会组织、医疗机构以及有关部门负责安排相关人员配合工作，据实提供情况和证明材料。若用人单位不配合，不影响社会保险行政部门作出工伤认定决定。
如果认定为工伤，而公司不配合支付工伤保险待遇，劳动者可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求公司支付相应待遇。对仲裁结果不服的，还可以向人民法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的合法权益。
法律依据：
《工伤保险条例》 第十七条
职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
按照本条第一款规定应当由省级社会保险行政部门进行工伤认定的事项，根据属地原则由用人单位所在地的设区的市级社会保险行政部门办理。
用人单位未在本条第一款规定的时限内提交工伤认定申请，在此期间发生符合本条例规定的工伤待遇等有关费用由该用人单位负担。
