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一般情况下申请法院支付令更快。申请支付令，法院受理后符合条件的会在15日内向债务人发出支付令；而劳动仲裁通常需要45日内结束，案情复杂可延长15日。
首先来看申请法院支付令的情况。根据《中华人民共和国民事诉讼法》规定，债权人请求债务人给付金钱、有价证券，符合下列条件的，可以向有管辖权的基层人民法院申请支付令：债权人与债务人没有其他债务纠纷的；支付令能够送达债务人的。人民法院受理申请后，经审查债权人提供的事实、证据，对债权债务关系明确、合法的，应当在受理之日起十五日内向债务人发出支付令；申请不成立的，裁定予以驳回。如果债务人在收到支付令之日起十五日内没有清偿债务，或没有向人民法院提出书面异议，债权人可以向人民法院申请强制执行。
再看劳动仲裁。依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》，仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可以延期并书面通知当事人，但是延长期限不得超过十五日。也就是说，一般情况下劳动仲裁最长可能需要60日才能结束。
不过，申请支付令也存在一定局限性。如果债务人在法定期间提出书面异议，人民法院会对异议进行审查，经审查异议成立的，法院会裁定终结督促程序，支付令自行失效，此时债权人只能通过诉讼等其他途径解决纠纷，这样就会耗费更多时间。而劳动仲裁是处理劳动争议的法定前置程序，对于劳动纠纷来说是一种相对规范和有效的解决方式，虽然时间可能长一些，但能更全面地处理劳动争议中的各种问题。所以，在选择时要根据具体情况综合考虑。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第四十三条
仲裁庭裁决劳动争议案件，应当自劳动争议仲裁委员会受理仲裁申请之日起四十五日内结束。案情复杂需要延期的，经劳动争议仲裁委员会主任批准，可以延期并书面通知当事人，但是延长期限不得超过十五日。逾期未作出仲裁裁决的，当事人可以就该劳动争议事项向人民法院提起诉讼。
仲裁庭裁决劳动争议案件时，其中一部分事实已经清楚，可以就该部分先行裁决。
