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公司已经注销的情况下，通常不能再以该注销公司为被申请人进行劳动仲裁。但可以根据不同情形确定新的责任主体，若存在未依法清算等情况，可起诉股东、出资人或清算义务人等，通过向人民法院提起诉讼来解决劳动争议。
当公司注销后，劳动仲裁程序无法以该注销公司为对象继续进行。这是因为公司注销意味着其法人资格消灭，不再具有诉讼主体资格。不过，并不意味着劳动者的权益无法得到保障。
确定责任主体：首先要明确由谁来承担原公司的责任。如果公司在注销前没有依法进行清算，根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国公司法〉若干问题的规定（二）》，有限责任公司的股东、股份有限公司的董事和控股股东，以及公司的实际控制人应承担相应责任。比如，他们在公司解散后，恶意处置公司财产给债权人造成损失，或者未经依法清算，以虚假的清算报告骗取公司登记机关办理法人注销登记，那么劳动者可以起诉这些主体。
准备诉讼材料：决定起诉后，劳动者需要准备一系列材料。包括证明劳动关系的证据，如劳动合同、工资发放记录、工作证、考勤记录等；证明劳动权益受到侵害的证据，如加班未支付加班费的记录等。同时，要撰写起诉状，在起诉状中明确原告（劳动者）和被告（如股东等责任主体）的信息、诉讼请求（如支付工资、经济补偿等）以及事实和理由。
选择管辖法院：一般来说，劳动争议案件由用人单位所在地或者劳动合同履行地的基层人民法院管辖。劳动合同履行地不明确的，由用人单位所在地的基层人民法院管辖。
提起诉讼：将准备好的诉讼材料提交给有管辖权的人民法院，并按照法院的要求缴纳诉讼费用。法院受理后，会按照法定程序进行审理，包括立案、送达、开庭审理等环节。在审理过程中，劳动者要积极举证，维护自己的合法权益。
公司注销并不意味着劳动者维权之路的终结，通过确定责任主体并向法院起诉，劳动者仍有机会维护自身的合法劳动权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二十七条
劳动争议申请仲裁的时效期间为一年。仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。
前款规定的仲裁时效，因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。
因不可抗力或者有其他正当理由，当事人不能在本条第一款规定的仲裁时效期间申请仲裁的，仲裁时效中止。从中止时效的原因消除之日起，仲裁时效期间继续计算。
