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请假扣工资按底薪还是总工资算，需依据具体情况判断。一般有按劳动合同约定、规章制度规定来计算，常见有按底薪、总工资或日工资等方式，不同请假类型及单位规定会导致计算方式不同。
在实际情况中，请假扣工资的计算方式有多种。要考虑劳动合同的约定。若劳动合同中明确规定了请假扣工资是按照底薪或者总工资来计算，那么就应按照合同的约定执行。例如，劳动合同中写明请假扣除的工资以底薪为基数进行计算，那么在员工请假时，就按此方式扣除相应工资。
公司的规章制度也起着重要作用。许多公司会在内部规章制度中对请假扣工资的计算方式作出规定。只要该规章制度是经过合法程序制定，并且已向员工公示，就具有一定的法律效力。比如，公司规定请假按总工资计算扣除金额，员工知晓并认可该规定，那么就需按此执行。
从常见的计算方式来看，按底薪计算是一种情况。这种方式相对简单，以员工的底薪为基础，根据请假天数计算应扣除的工资。比如，员工底薪为3000元，一个月按22个工作日计算，日薪约为136.36元，若请假一天，就扣除136.36元。按总工资计算则是将员工的所有收入（包括基本工资、绩效工资、奖金等）加起来作为基数进行计算。还有按日工资计算的方式，日工资的计算可能是总工资除以当月应出勤天数或者全年平均月计薪天数（21.75天）。
不同的请假类型也会影响计算方式。如病假，有些地区规定在一定医疗期内，企业应按照不低于当地最低工资标准的一定比例支付病假工资；而事假，通常是扣除当天的工资。请假扣工资的计算方式较为复杂，要综合多方面因素来确定。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》 第三十六条
国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十八条
用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
第三十九条
企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法。
