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辞退员工补偿金申报个税，需根据补偿金数额与当地上年职工平均工资3倍数额的比较情况来处理。不超过当地上年职工平均工资3倍数额的部分，免征个人所得税；超过部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表计算纳税，在自然人电子税务局（扣缴端）进行申报。
要明确相关政策依据。根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》规定，个人与用人单位解除劳动关系取得一次性补偿收入（包括用人单位发放的经济补偿金、生活补助费和其他补助费），在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过3倍数额的部分，不并入当年综合所得，单独适用综合所得税率表，计算纳税。
确定当地上年职工平均工资数据。这一数据通常由当地统计部门公布，可以通过当地统计局官网、政府公告等渠道获取。将辞退员工获得的补偿金与该数据的3倍进行比较。
若补偿金不超过当地上年职工平均工资3倍数额，无需缴纳个人所得税，在申报时，可在相关申报系统中按免税收入处理。若超过当地上年职工平均工资3倍数额，就需要对超过部分计算纳税。计算时，先确定超过部分的金额，然后查找综合所得税率表，根据对应的税率和速算扣除数计算应纳税额。
在申报流程方面，一般在自然人电子税务局（扣缴端）进行操作。登录系统后，进入“综合所得申报”模块，选择“解除劳动合同一次性补偿金”所得项目。填写员工的相关信息，包括姓名、身份证号等，以及补偿金收入、免税收入（当地上年职工平均工资3倍数额）、应纳税所得额（超过3倍数额的部分）等数据。系统会自动根据填写的数据计算应扣缴的个人所得税。核对申报数据无误后，提交申报并完成税款缴纳。
在整个申报过程中，企业要确保数据的准确性和合规性，保存好相关的证明材料，如解除劳动关系协议、补偿金发放凭证等，以备税务机关检查。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
