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公司注销余款在支付清算费用、职工工资、社会保险费用和法定补偿金，缴纳所欠税款，清偿公司债务后，若还有剩余，有限责任公司按照股东的出资比例分配，股份有限公司按照股东持有的股份比例分配。
公司在注销过程中，需要按照法定程序进行清算。清算组会全面清理公司财产，编制资产负债表和财产清单。在这个基础上，制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
清算费用是首要支付的项目，包括清算组在清算过程中为了开展工作而产生的各项费用，如办公费用、人员报酬等。接着是支付职工的工资，这是保障职工基本权益的重要部分，涵盖了职工应得的劳动报酬。社会保险费用和法定补偿金也必须及时支付，社会保险费用关系到职工的社会保障权益，法定补偿金则是在公司注销等特定情况下对职工的一种补偿。
缴纳所欠税款也是清算过程中的重要环节。公司在经营过程中可能存在未缴纳的税款，这些税款必须足额缴纳，以履行公司的纳税义务。在清偿公司债务时，要按照债务的先后顺序和法定要求进行，确保债权人的合法权益得到保障。
当完成上述所有支付和清偿后，如果公司还有剩余财产，对于有限责任公司而言，会按照股东的出资比例进行分配。例如，股东A出资比例为60%，股东B出资比例为40%，那么剩余财产就会按照这个比例分配给他们。而股份有限公司则按照股东持有的股份比例分配，持有股份多的股东将获得相对较多的剩余财产。
需要强调的是，整个清算和分配过程都要严格遵循法律法规的规定，确保公平、公正、合法。如果在清算过程中出现违法违规行为，相关责任人可能会承担相应的法律责任。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第一百八十三条
公司因本法第一百八十条第（一）项、第（二）项、第（四）项、第（五）项规定而解散的，应当在解散事由出现之日起十五日内成立清算组，开始清算。有限责任公司的清算组由股东组成，股份有限公司的清算组由董事或者股东大会确定的人员组成。逾期不成立清算组进行清算的，债权人可以申请人民法院指定有关人员组成清算组进行清算。人民法院应当受理该申请，并及时组织清算组进行清算。
第一百八十八条
公司清算结束后，清算组应当制作清算报告，报股东会、股东大会或者人民法院确认，并报送公司登记机关，申请注销公司登记，公告公司终止。
