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企业法人注册公司和自然人注册公司在投资主体、责任承担、注册条件、税收政策、公司治理等方面存在区别。
投资主体方面，企业法人注册公司，其投资主体是具有法人资格的企业，该企业以其自身的名义和资产进行投资；而自然人注册公司，投资主体是单个的自然人，以个人的财产进行投资。
责任承担上，企业法人注册的公司，企业法人以其出资额为限对公司承担责任，当公司出现债务等问题时，一般不会涉及企业法人其他未用于投资的财产；自然人注册的公司，如果是一人有限责任公司，若不能证明公司财产独立于自己财产的，应当对公司债务承担连带责任，即个人财产可能会用于偿还公司债务。
注册条件有所不同，企业法人注册公司时，可能需要提交企业法人的营业执照、法定代表人身份证明等相关材料，并且企业法人自身的经营状况、信誉等可能会影响注册的审批；自然人注册公司，主要提交个人身份证等身份证明材料，相对来说材料较为简单。
税收政策存在差异，企业法人注册的公司在税收上可能会涉及企业所得税等多种税种，并且企业法人本身也需要对其经营所得缴纳企业所得税；自然人注册的公司，如果是个体工商户等形式，可能缴纳个人所得税等。不同的组织形式适用的税收优惠政策也有所不同。
公司治理上，企业法人注册的公司可能会受到企业法人内部决策机制的影响，公司的重大决策可能需要经过企业法人的相关程序；而自然人注册的公司，决策相对较为灵活，自然人股东可以较为直接地做出决策。
企业法人注册公司和自然人注册公司在多个方面各有特点，在选择注册方式时，需要综合考虑自身的实际情况和发展需求。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第六条
设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。
法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。
公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。
