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办理有劳动合同的档案，需依据不同主体及情况按相应流程进行。若为单位办理，通常要先收集员工档案材料，审核无误后整理装订，再移交至档案管理机构；若为个人办理，需确认档案接收单位，获取调档函，接着办理档案转移手续。
单位办理流程
首先是收集材料。单位要收集员工的个人基本信息材料，如身份证复印件、学历证书复印件等；还有劳动合同，这是档案的重要组成部分，需确保合同条款完整、双方签字盖章清晰；另外，员工的入职登记表、岗位说明书、绩效考核记录、奖惩情况等相关材料也应一并收集。
然后进行审核。对收集到的材料进行真实性、完整性和规范性审核。检查劳动合同是否符合法律法规要求，各项材料是否有涂改、缺失等情况。
之后进行整理装订。将审核通过的材料按照一定的顺序进行整理，一般按照时间先后或材料类别排列，再用专业的档案装订工具进行装订，确保档案的整齐和牢固。
最后是移交档案。将整理好的档案移交至单位指定的档案管理机构或当地的人才交流中心等具有档案管理资质的部门。在移交时，要填写档案移交清单，双方签字确认，以明确责任。
个人办理流程
第一步是确认档案接收单位。个人要先确定档案的接收地点，如工作单位、户籍所在地的人才交流中心等。
第二步是获取调档函。向档案接收单位提出申请，按其要求提供相关材料，如身份证、劳动合同等，经审核通过后获取调档函。
第三步是办理档案转移手续。持调档函到原档案存放单位办理档案调出手续，原档案存放单位会对档案进行密封，并开具档案转出证明。个人将密封好的档案及时送至档案接收单位，完成档案转移。
在整个档案办理过程中，要严格遵守档案管理的相关规定，确保档案的安全和完整。若遇到问题，可咨询当地档案管理部门或专业法律人士。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第五十条
用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。
劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。
