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个人申请工伤认定公司不配合，工伤职工或者其近亲属、工会组织可以在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请，并且收集能证明劳动关系及工伤事实的相关证据。
当个人申请工伤认定而公司不配合时，首先要明确自身有直接申请的权利。根据《工伤保险条例》规定，用人单位未按规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
在申请过程中，关键是要收集相关证据。对于劳动关系的证明，如果公司不配合提供劳动合同，可收集工资支付凭证或记录（职工工资发放花名册）、缴纳各项社会保险费的记录；用人单位向劳动者发放的“工作证”“服务证”等能够证明身份的证件；劳动者填写的用人单位招工招聘“登记表”“报名表”等招用记录；考勤记录；其他劳动者的证言等材料来证明与公司存在劳动关系。
对于工伤事实的证明，要收集现场的相关证据，比如事故现场的照片、视频，能证明事故发生经过的证人证言等。如果是因工作原因受到事故伤害的，要收集工作任务安排、工作流程等相关材料。
若社会保险行政部门受理申请后，需要用人单位举证的，用人单位应承担举证责任。如果用人单位拒不举证，社会保险行政部门可以根据受伤害职工提供的证据或者调查取得的证据，依法作出工伤认定决定。
如果在整个过程中遇到困难，还可以寻求专业的法律援助，比如向当地的法律援助机构申请法律援助律师，以更好地维护自身的合法权益。
法律依据：
《工伤保险条例》 第十七条
职工发生事故伤害或者按照职业病防治法规定被诊断、鉴定为职业病，所在单位应当自事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起30日内，向统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。遇有特殊情况，经报社会保险行政部门同意，申请时限可以适当延长。
用人单位未按前款规定提出工伤认定申请的，工伤职工或者其近亲属、工会组织在事故伤害发生之日或者被诊断、鉴定为职业病之日起1年内，可以直接向用人单位所在地统筹地区社会保险行政部门提出工伤认定申请。
