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未按流程辞职扣除整月工资通常是不合法的。
根据《中华人民共和国劳动法》和《中华人民共和国劳动合同法》等相关法律法规，劳动者享有取得劳动报酬的权利。工资是劳动者付出劳动后应得的对价，用人单位不得随意克扣。
虽然劳动者未按流程辞职可能违反了劳动合同或公司规章制度，但这并不意味着用人单位可以扣除整月工资。如果劳动者未提前通知用人单位就擅自离职，可能会给用人单位造成一定的损失，如工作衔接不畅、业务受影响等。不过，用人单位若要主张赔偿损失，需要承担举证责任，证明因劳动者的擅自离职行为给其造成了实际损失，且扣除的工资数额应与损失相当。
根据《工资支付暂行规定》，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
在司法实践中，法院一般会审查用人单位扣除工资的合理性和合法性。如果用人单位没有证据证明劳动者的离职行为造成了实际损失，或者扣除工资的数额明显不合理，法院通常会支持劳动者要求用人单位支付扣除工资的诉求。
劳动者遇到用人单位以未按流程辞职为由扣除整月工资的情况，可以先与用人单位协商解决。若协商不成，劳动者可以向劳动监察部门投诉，或者向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，以维护自己的合法权益。
法律依据：
《工资支付暂行规定》 第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
《中华人民共和国劳动合同法》 第三十条
用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
用人单位拖欠或者未足额支付劳动报酬的，劳动者可以依法向当地人民法院申请支付令，人民法院应当依法发出支付令。
