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通常主合同先生效。一般是先签订主合同，确定双方主要的权利义务关系，之后才会根据实际情况签订补充协议对主合同进行补充或变更，所以主合同先成立并生效。但如果补充协议明确约定其生效不受主合同生效与否的限制，且满足自身生效条件时，补充协议也可能先于主合同生效。
在合同实务中，主合同是约定合同双方当事人基本权利义务的合同文本。它是整个交易关系的基础框架，对双方在交易中的核心权利和义务进行了明确规定。从合同的签订顺序来看，一般是双方先就交易的主要条款进行协商并达成一致，进而签订主合同。一旦主合同符合法律规定的生效要件，如合同主体具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律和社会公共利益等，主合同便正式生效，双方当事人需要按照主合同的约定履行各自的义务。
而补充协议是对主合同中未约定、约定不明确或者后续情况发生变化而需要进一步明确或调整的内容所达成的协议。它是基于主合同而产生的，其目的在于对主合同进行细化、补充或变更。通常情况下，补充协议是在主合同已经签订且生效之后，双方根据实际履行过程中出现的新情况、新问题，或者对主合同某些条款有了新的想法和约定时才会签订。
然而，也存在特殊情况。如果补充协议中明确约定了其生效条件，并且该生效条件与主合同的生效与否没有关联，同时补充协议自身满足生效要件，那么补充协议可能会先于主合同生效。例如，补充协议约定自双方签字盖章之日起生效，而主合同约定需满足一定的审批程序后才生效，这种情况下补充协议就可能先生效。
总之，虽然一般是主合同先生效，但具体情况要依据合同双方的约定以及合同所附的生效条件等来判断。在处理合同相关事务时，应当仔细审查合同和补充协议的具体条款，以明确各自的生效时间和效力范围。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
