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法律并没有明确规定自动离职要扣几天工资。用人单位不能随意克扣劳动者工资，除非因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。
根据《中华人民共和国劳动法》第五十条规定，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。所谓“克扣”，是指用人单位无正当理由扣减劳动者应得工资。而自动离职并不属于用人单位可以克扣工资的法定情形。
劳动者自动离职，可能是没有按照法律规定的程序提前通知用人单位解除劳动合同。《中华人民共和国劳动合同法》第三十七条规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同；劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。如果劳动者没有履行上述程序就自动离职，可能会给用人单位带来一定的影响。
不过，如果因为劳动者自动离职给用人单位造成了经济损失，比如岗位空缺导致业务无法正常开展、需要重新招聘人员产生额外费用等，用人单位可以要求劳动者赔偿经济损失。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
所以，自动离职本身用人单位不能随意扣工资，只有在符合法定条件下，才可以从工资中扣除相应赔偿费用。同时，用人单位也需要有证据证明劳动者的离职行为给其造成了经济损失以及损失的具体数额。
法律依据：
《工资支付暂行规定》 第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
