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职务侵占立案程序主要规定包括受案、审查和决定是否立案等环节，有相应的时间要求和材料标准，且立案需满足一定的条件。
职务侵占案件的立案涉及到刑事诉讼的相关程序规定。在受案阶段，公安机关对于报案、控告、举报、自首等材料都应当接受。不管是否属于本单位管辖，都应先进行登记。对于不属于自己管辖的，应当移送主管机关处理，并且通知报案人、控告人、举报人；对于不属于自己管辖而又必须采取紧急措施的，应当先采取紧急措施，然后移送主管机关。
审查环节。公安机关会对受案材料进行审查，判断是否存在职务侵占的犯罪事实。要审查是否有证据表明公司、企业或者其他单位的人员，利用职务上的便利，将本单位财物非法占为己有，且数额达到了立案标准。根据相关规定，职务侵占数额在三万元以上的，应当立案追诉。审查过程中，公安机关可以要求报案人、控告人、举报人补充材料，也可以自行进行调查核实。
决定是否立案。经过审查，如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任，且属于自己管辖的，经县级以上公安机关负责人批准，予以立案；如果认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任情形的，经县级以上公安机关负责人批准，不予立案。对于有控告人的案件，决定不予立案的，公安机关应当制作不予立案通知书，并在三日以内送达控告人。
如果控告人对不予立案决定不服，可以在收到不予立案通知书后七日以内向作出决定的公安机关申请复议；公安机关应当在收到复议申请后三十日以内作出决定，并将决定书送达控告人。控告人对不予立案的复议决定不服的，可以在收到复议决定书后七日以内向上一级公安机关申请复核；上一级公安机关应当在收到复核申请后三十日以内作出决定。情况复杂的，经上一级公安机关负责人批准，可以延长三十日。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第一百一十二条
人民法院、人民检察院或者公安机关对于报案、控告、举报和自首的材料，应当按照管辖范围，迅速进行审查，认为有犯罪事实需要追究刑事责任的时候，应当立案；认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微，不需要追究刑事责任的时候，不予立案，并且将不立案的原因通知控告人。控告人如果不服，可以申请复议。
