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三个股东中有一个退股后，剩下股份的分配方式主要有按原持股比例分配、协商确定新的分配比例、按贡献度分配三种方式。
当三个股东中有一个退股时，剩下股份的分配是一个重要问题，通常有以下几种常见的处理方式。
按原持股比例分配：这是一种较为简单直接的方法。假设原来三个股东A、B、C的持股比例分别为a%、b%、c%，C股东退股后，其持有的c%股份按照A和B原来的持股比例进行分配。例如，A持股40%，B持股30%，C持股30%，C退股后，A将获得C股份中的40/（40 + 30）×30%≈17.14%，B将获得C股份中的30/（40 + 30）×30%≈12.86%。这样分配的优点是公平且操作简便，依据原有的股权结构进行延续，能减少股东之间的矛盾和争议。
协商确定新的分配比例：股东们可以根据公司的实际情况、未来发展规划以及各自的需求等因素，重新协商确定新的持股比例。比如，股东A在公司运营中承担了更多的管理工作和责任，而股东B则在资金方面给予了更多支持，那么在C股东退股后，A和B可以协商提高A的持股比例，以体现其在公司中的贡献。这种方式的灵活性高，能够充分考虑到各种实际情况，但可能需要股东之间进行充分的沟通和协商，达成一致意见。
按贡献度分配：综合考虑剩下股东在公司的资金投入、技术贡献、管理能力、业务拓展等方面的贡献来分配退股股东的股份。例如，在一家科技公司中，股东A有核心技术，股东B擅长市场销售，在C股东退股后，根据A和B在公司发展过程中的实际贡献来重新分配股份，可能会更有利于公司的长期发展。不过，这种方式的难点在于如何准确衡量每个股东的贡献度，需要建立合理的评估体系。
无论采用哪种方式，都需要经过合法的程序，如签订股权转让协议、修改公司章程、办理工商变更登记等，以确保股份分配的合法性和有效性。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第一百四十二条
公司不得收购本公司股份。但是，有下列情形之一的除外：
（一）减少公司注册资本；
（二）与持有本公司股份的其他公司合并；
（三）将股份用于员工持股计划或者股权激励；
（四）股东因对股东大会作出的公司合并、分立决议持异议，要求公司收购其股份；
（五）将股份用于转换上市公司发行的可转换为股票的公司债券；
（六）上市公司为维护公司价值及股东权益所必需。
