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旷工三天自动离职，工资依旧按照劳动者实际出勤天数和劳动合同约定的工资计算标准来结算。但因旷工给单位造成损失的，单位可要求赔偿，赔偿可从工资中扣除。
工资结算依据。根据《工资支付暂行规定》，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。这意味着，无论劳动者以何种方式结束劳动关系，只要其提供了劳动，用人单位就有义务按照劳动合同约定的工资标准和实际出勤天数支付工资。例如，某员工月工资为 5000 元，每月按 21.75 天计算工作日，该员工本月正常出勤 17 天，旷工 3 天，那么其应得工资为 5000÷21.75×17 ≈ 3908.05 元。
旷工与工资扣除。虽然用人单位不能随意克扣劳动者工资，但如果劳动者旷工给用人单位造成了经济损失，用人单位可以要求劳动者赔偿。根据《工资支付暂行规定》第十六条，因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的 20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。比如，某员工月工资 4000 元，因旷工给单位造成 1000 元损失，单位每月最多可扣除 4000×20% = 800 元，而不能将 1000 元损失全部从当月工资中扣除。
离职手续与工资结算时间。在劳动者旷工三天自动离职后，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。不过，实践中有些用人单位可能会按照公司的工资发放周期来结算工资。但如果用人单位故意拖延不支付工资，劳动者可以通过向劳动监察部门投诉、申请劳动仲裁等方式来维护自己的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》 第三十六条
国家实行劳动者每日工作时间不超过八小时、平均每周工作时间不超过四十四小时的工时制度。
第三十八条
用人单位应当保证劳动者每周至少休息一日。
《工资支付暂行规定》 第九条
劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
