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自己交五险一金和公司交存在多方面区别，主要体现在缴纳险种、费用承担、缴纳基数、退休待遇等方面。
在缴纳险种上，公司缴纳时，按照规定需为员工缴纳完整的五险一金，即养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险，以及住房公积金。而自己缴纳，如果是以灵活就业人员身份缴纳社保，通常只能缴纳养老保险和医疗保险这两个险种，无法缴纳工伤、失业和生育保险，也不能缴纳住房公积金；若通过社保代缴机构缴纳，理论上能缴纳五险，但住房公积金不一定能缴纳。
费用承担方面差异明显。公司缴纳时，社保费用由公司和员工共同承担，例如养老保险，一般公司缴纳比例在 16%-20%左右，个人缴纳 8%；医疗保险公司缴纳 6%-10%，个人缴纳 2%左右等。公司承担了大部分费用，员工经济压力相对较小。自己缴纳时，所有费用都需自己承担，经济负担较重。比如灵活就业人员缴纳养老保险，缴费比例可能达到 20%，全部由个人出。
缴纳基数也有所不同。公司缴纳时，社保缴纳基数通常根据员工上一年度的月平均工资来确定，有上下限规定。而自己缴纳时，缴纳基数可以在当地规定的缴费基数范围内自由选择，可高可低。
在退休待遇上也有差别。一般来说，公司缴纳社保的人员，由于缴纳险种更齐全，且缴纳基数通常较高，退休后能领取的养老金、享受的医疗保障等可能更优厚。自己缴纳社保，如果选择的缴纳基数较低，养老金待遇可能相对较低。女性以灵活就业人员身份缴纳社保，退休年龄可能与公司女职工不同，前者通常为 55 岁，后者一般为 50 岁。
缴纳方式和地点也有不同。公司缴纳是由公司统一办理相关手续和缴纳费用，员工较为省心。自己缴纳则需要个人到当地社保经办机构办理参保登记和缴费手续，相对繁琐。在缴纳地点上，公司缴纳是按照公司注册地或经营地的规定缴纳，而自己缴纳通常需要在户籍所在地缴纳，不过部分地区允许符合条件的非本地户籍人员以灵活就业人员身份参保。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第二条
国家建立基本养老保险、基本医疗保险、工伤保险、失业保险、生育保险等社会保险制度，保障公民在年老、疾病、工伤、失业、生育等情况下依法从国家和社会获得物质帮助的权利。
《住房公积金管理条例》 第二条
本条例适用于中华人民共和国境内住房公积金的缴存、提取、使用、管理和监督。
本条例所称住房公积金，是指国家机关、国有企业、城镇集体企业、外商投资企业、城镇私营企业及其他城镇企业、事业单位、民办非企业单位、社会团体（以下统称单位）及其在职职工缴存的长期住房储金。
