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被告人不认罪认罚，不会影响司法机关依法开展诉讼活动，但在量刑等方面可能无法获得认罪认罚从宽制度所带来的从轻、减轻处罚等相关优惠。
认罪认罚从宽制度是我国刑事诉讼中的一项重要制度。当被告人不认罪认罚时，司法机关依然会按照法定程序对案件进行处理。
在侦查阶段，侦查机关会全面、客观地收集、调取能够证实犯罪嫌疑人有罪或者无罪、犯罪情节轻重的各种证据。不会因为被告人不认罪认罚就停止侦查或者采取不合法的手段获取证据。他们会依靠证据来查明案件事实，认定犯罪嫌疑人是否实施了犯罪行为。
进入审查起诉阶段，检察机关会对侦查机关移送的案件进行审查。如果证据确实、充分，即使被告人不认罪认罚，也会依法向法院提起公诉。并且，检察机关在提出量刑建议时，不会考虑认罪认罚这一从宽情节。例如，原本根据认罪认罚情况可能会建议判处较低的刑期或者适用缓刑等，在被告人不认罪认罚的情况下，就可能不会提出这样较为宽松的量刑建议。
到了审判阶段，法院会根据庭审中查明的事实、证据以及相关法律规定作出判决。如果证据足以证明被告人有罪，即使被告人不认罪，法院也会依法作出有罪判决。而且，由于被告人没有认罪认罚，在量刑上通常不会得到从轻处罚的待遇。相比认罪认罚的被告人，不认罪认罚的被告人可能会被判处相对较重的刑罚。
不过，被告人不认罪认罚也并不意味着其合法权益会受到侵害。在整个诉讼过程中，被告人依然享有辩护权等各项法定权利，可以通过自己或委托的辩护人进行无罪或罪轻的辩护。如果最终证据不足以证明被告人有罪，法院也会依法作出无罪判决。
法律依据：
《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百条
在被告人最后陈述后，审判长宣布休庭，合议庭进行评议，根据已经查明的事实、证据和有关的法律规定，分别作出以下判决：
（一）案件事实清楚，证据确实、充分，依据法律认定被告人有罪的，应当作出有罪判决；
（二）依据法律认定被告人无罪的，应当作出无罪判决；
（三）证据不足，不能认定被告人有罪的，应当作出证据不足、指控的犯罪不能成立的无罪判决。
