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卫生行政复议与卫生行政诉讼在性质、受理机关、审查范围、适用程序、审查力度和处理结果等方面存在区别。
二者性质不同。卫生行政复议是具有一定司法性的行政行为，它是行政机关内部的监督和纠错机制，是上级行政机关对下级行政机关的具体行政行为进行审查和监督的过程。而卫生行政诉讼是司法行为，是人民法院对行政机关具体行政行为的合法性进行审查的司法活动，是司法权对行政权的监督和制约。
受理机关不同。卫生行政复议的受理机关是作出具体行政行为的卫生行政机关的上一级主管部门或者本级人民政府。例如，若某县级卫生行政部门作出了一个具体行政行为，相对人不服申请复议，可向该县级卫生行政部门的上级市级卫生行政部门或者县级人民政府提出复议申请。而卫生行政诉讼的受理机关是人民法院，是独立于行政机关的司法审判机关。
审查范围不同。卫生行政复议不仅审查具体行政行为的合法性，还审查其合理性。即行政机关作出的具体行政行为在法律依据、事实认定、程序等方面是否合法，同时也会考量该行为是否适当、公正。而卫生行政诉讼主要审查具体行政行为的合法性，一般不审查其合理性，只有在行政处罚显失公正等极少数情况下才会审查合理性。
此外，适用程序不同。卫生行政复议适用行政程序，相对简便、灵活，遵循行政效率原则，复议期限一般为六十日。而卫生行政诉讼适用司法程序，程序更为严格、规范，有一审、二审等完整的诉讼程序，审理期限相对较长。
审查力度方面，卫生行政复议机关可以根据实际情况对具体行政行为进行全面审查，有权改变原具体行政行为。而人民法院在卫生行政诉讼中一般只能对具体行政行为作出维持、撤销、限期履行等判决，通常不能直接改变行政行为的内容，只有在行政处罚明显不当等法定情形下才可以判决变更。
最后，处理结果不同。卫生行政复议决定可以维持、变更、撤销原具体行政行为，还可以责令被申请人重新作出具体行政行为。而卫生行政诉讼的判决主要有维持判决、撤销判决、履行判决、变更判决等，判决结果具有最终的法律效力。
法律依据：
《中华人民共和国行政复议法》 第九条
公民、法人或者其他组织认为具体行政行为侵犯其合法权益的，可以自知道该具体行政行为之日起六十日内提出行政复议申请；但是法律规定的申请期限超过六十日的除外。
因不可抗力或者其他正当理由耽误法定申请期限的，申请期限自障碍消除之日起继续计算。
第十一条
申请人申请行政复议，可以书面申请，也可以口头申请；口头申请的，行政复议机关应当当场记录申请人的基本情况、行政复议请求、申请行政复议的主要事实、理由和时间。
