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公司注销时个人所得税费用处理需区分不同情况，对于员工工资薪金等所得，要在注销前完成代扣代缴申报；对于股东分红等所得，要按规定计算缴纳个人所得税；若存在未分配利润，分配给个人股东时也需缴纳个税。
员工工资薪金所得相关个人所得税处理。在公司注销过程中，首先要确保员工工资薪金等所得的个人所得税已经正确代扣代缴。公司需要按照《个人所得税法》及相关规定，在发放工资时，准确计算员工应缴纳的个人所得税，并在规定的申报期限内进行申报和缴纳。例如，每月工资发放时，公司财务人员应根据员工的收入、扣除项目等计算应纳税额，通过自然人电子税务局（扣缴端）进行申报，将税款缴纳至国库。在公司注销前，要对所有员工的个人所得税申报情况进行全面梳理，确保不存在漏报、少报的情况。
股东分红所得个人所得税处理。如果公司在注销前向股东进行了利润分配，股东取得的分红属于“利息、股息、红利所得”，应按照20%的税率缴纳个人所得税。公司作为扣缴义务人，要在支付分红时，代扣代缴股东的个人所得税。比如，公司决定向股东分配100万元的红利，那么应代扣代缴的个人所得税为100×20% = 20万元，实际支付给股东的金额为80万元。
未分配利润处理涉及的个人所得税。当公司注销时，若存在未分配利润，将其分配给个人股东时，同样需要缴纳个人所得税。公司要对未分配利润进行准确核算，按照规定计算应代扣代缴的个人所得税。此外，对于公司注销过程中可能涉及的其他个人所得税应税项目，如员工的离职补偿等，也需要按照相关规定进行处理。离职补偿在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过部分按照有关规定，计算征收个人所得税。总之，公司注销时个人所得税费用处理要严格遵循税收法律法规，确保各项税款准确计算和缴纳。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第二条
下列各项个人所得，应当缴纳个人所得税：
（一）工资、薪金所得；
（二）劳务报酬所得；
（三）稿酬所得；
（四）特许权使用费所得；
（五）经营所得；
（六）利息、股息、红利所得；
（七）财产租赁所得；
（八）财产转让所得；
（九）偶然所得。
