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确认劳动关系超过仲裁时效，法院一般会受理案件，但会审查是否存在仲裁时效中止、中断等情形。若不存在法定情形，被告以超过仲裁时效抗辩，法院可能会驳回原告的诉讼请求。若被告未提出时效抗辩，法院不会主动适用仲裁时效规定进行裁判。
根据法律规定，劳动争议申请仲裁的时效期间为一年，仲裁时效期间从当事人知道或者应当知道其权利被侵害之日起计算。当劳动者向法院起诉要求确认劳动关系，而该争议已经超过仲裁时效时，法院会根据不同情况进行处理。
一方面，法院通常会受理案件。因为根据相关司法解释，劳动争议仲裁委员会以当事人的仲裁申请超过仲裁时效为由，作出不予受理的书面裁决、决定或者通知，当事人不服，依法向人民法院起诉的，人民法院应当受理。
另一方面，法院在审理过程中会审查仲裁时效问题。如果被告（通常是用人单位）以原告（劳动者）的请求超过仲裁时效进行抗辩，法院就会审查是否存在仲裁时效中止、中断的情形。仲裁时效中止是指在仲裁时效期间的最后六个月内，因不可抗力或者其他正当理由，使权利人不能行使请求权的，仲裁时效暂时停止计算。仲裁时效中断是指因当事人一方向对方当事人主张权利，或者向有关部门请求权利救济，或者对方当事人同意履行义务而中断。从中断时起，仲裁时效期间重新计算。若不存在这些法定情形，法院可能会驳回原告的诉讼请求。
如果被告未提出时效抗辩，根据法律规定，法院不会主动适用仲裁时效的规定进行裁判。也就是说，在这种情况下，法院会正常审理案件，根据双方提供的证据来判断是否存在劳动关系。
确认劳动关系超过仲裁时效后法院的处理方式较为复杂，需综合考虑多种因素和实际情况。
法律依据：
《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》 第二条
中华人民共和国境内的用人单位与劳动者发生的下列劳动争议，适用本法：
（一）因确认劳动关系发生的争议；
（二）因订立、履行、变更、解除和终止劳动合同发生的争议；
（四）因工作时间、休息休假、社会保险、福利、培训以及劳动保护发生的争议；
（五）因劳动报酬、工伤医疗费、经济补偿或者赔偿金等发生的争议；
（六）法律、法规规定的其他劳动争议。
