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当合同到期时员工处于医疗期，劳动合同应自动延续至医疗期结束。在此期间，企业和员工需按规定处理相关事宜，包括确认医疗期时长、延续劳动合同、支付病假工资、在医疗期结束后根据情况决定是否续签或终止劳动合同等。
一、确认医疗期时长根据相关规定，医疗期是指企业职工因患病或非因工负伤停止工作治病休息不得解除劳动合同的时限。医疗期的长短根据职工实际参加工作年限和在本单位工作年限确定，一般为3个月到24个月不等。例如，实际工作年限10年以下的，在本单位工作年限5年以下的为3个月；5年以上的为6个月。企业和员工都需要准确确认医疗期的具体时长，员工应提供医院的诊断证明、病历等相关材料。
二、延续劳动合同在合同到期时，若员工处于医疗期，企业不能直接终止劳动合同，而应自动延续至医疗期满。企业应及时以书面形式通知员工，说明劳动合同延续的情况，明确延续的期限至医疗期结束，并将通知书送达员工本人，留存送达凭证。
三、支付病假工资在医疗期内，企业应按照当地规定支付员工病假工资。病假工资的支付标准各地有所不同，一般不得低于当地最低工资标准的80%。企业要确保按时足额支付，保障员工在医疗期间的基本生活。
四、医疗期结束后的处理医疗期结束后，企业需要根据员工的身体状况和工作能力来决定后续事宜。如果员工能够正常工作，企业可以与员工协商续签劳动合同；若员工不能从事原工作，也不能从事由企业另行安排的工作的，企业提前三十日以书面形式通知员工本人或者额外支付员工一个月工资后，可以解除劳动合同，但需依法支付经济补偿。经济补偿按员工在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向员工支付。
五、相关手续办理无论是续签劳动合同还是解除劳动合同，企业都要按照规定办理相应的手续。续签合同的，要重新签订书面劳动合同；解除合同的，要出具解除劳动合同的证明，并在十五日内为员工办理档案和社会保险关系转移手续。员工也应配合企业做好工作交接等事宜。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第四十七条
经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。
劳动者月工资高于用人单位所在直辖市、设区的市级人民政府公布的本地区上年度职工月平均工资三倍的，向其支付经济补偿的标准按职工月平均工资三倍的数额支付，向其支付经济补偿的年限最高不超过十二年。
本条所称月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资。
《中华人民共和国劳动合同法》 第八十七条
用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法第四十七条规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。
