合同诈骗罪逃匿的,司法机关会采取一系列措施对犯罪嫌疑人进行追捕,如发布通缉令等。一旦抓捕归案,将依法对其进行刑事处罚,根据犯罪情节轻重,处以相应的刑罚,包括有期徒刑、拘役,并处罚金等。
当出现合同诈骗罪逃匿的情况时,被害人会向公安机关报案。公安机关在接到报案后,会对案件进行审查,如果认为有犯罪事实需要追究刑事责任,且属于自己管辖的,就会立案侦查。
在侦查过程中,对于逃匿的犯罪嫌疑人,公安机关会采取多种侦查手段。其中,一种重要的措施就是发布通缉令。根据《中华人民共和国刑事诉讼法》规定,应当逮捕的犯罪嫌疑人如果在逃,公安机关可以发布通缉令,采取有效措施,追捕归案。各级公安机关在自己管辖的地区以内,可以直接发布通缉令;超出自己管辖的地区,应当报请有权决定的上级机关发布。
如果犯罪嫌疑人逃匿到国外,还可能通过国际刑警组织等渠道进行跨国追捕。公安机关也会调查犯罪嫌疑人的财产状况,防止其转移、隐匿财产,以便在后续的司法程序中保障被害人的合法权益。
一旦犯罪嫌疑人被抓捕归案,司法机关会按照法定程序对其进行审判。根据《中华人民共和国刑法》第二百二十四条规定,以非法占有为目的,在签订、履行合同过程中,骗取对方当事人财物,数额较大的,处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金;数额巨大或者有其他严重情节的,处三年以上十年以下有期徒刑,并处罚金;数额特别巨大或者有其他特别严重情节的,处十年以上有期徒刑或者无期徒刑,并处罚金或者没收财产。
合同诈骗罪逃匿并不能逃避法律的制裁,司法机关会通过各种手段将犯罪嫌疑人绳之以法,维护社会的公平正义和市场经济秩序。

法律依据:
《中华人民共和国刑法》 第二百二十四条
有下列情形之一,以非法占有为目的,在签订、履行合同过程中,骗取对方当事人财物,数额较大的,处三年以下有期徒刑或者拘役,并处或者单处罚金;数额巨大或者有其他严重情节的,处三年以上十年以下有期徒刑,并处罚金;数额特别巨大或者有其他特别严重情节的,处十年以上有期徒刑或者无期徒刑,并处罚金或者没收财产:
(一)以虚构的单位或者冒用他人名义签订合同的;
(二)以伪造、变造、作废的票据或者其他虚假的产权证明作担保的;
(三)没有实际履行能力,以先履行小额合同或者部分履行合同的方法,诱骗对方当事人继续签订和履行合同的;
(四)收受对方当事人给付的货物、货款、预付款或者担保财产后逃匿的;
(五)以其他方法骗取对方当事人财物的。