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当员工不同意调岗而旷工，企业需依据合法合规的流程进行处理。可先审查调岗的合理性与合法性，再与员工沟通协商，若旷工情况符合企业规章制度，可按规定作出相应处理。
企业要自我审查调岗行为。企业的调岗决定需要具备合理性和合法性。合理性方面，调岗应基于企业生产经营的合理需要，比如业务拓展、部门调整等，且调岗后的工作与员工的技能、经验相匹配，薪资待遇等基本劳动条件不能降低。合法性上，企业的调岗行为要符合法律法规以及劳动合同的约定。如果调岗本身不具备合理性和合法性，员工拒绝调岗旷工，企业可能面临法律风险。
企业应与员工进行沟通协商。在发现员工因不同意调岗而旷工后，企业应及时与员工取得联系，了解其不同意调岗的具体原因。通过沟通，向员工解释调岗的必要性和合理性，争取员工的理解和支持。若员工提出合理诉求，企业可在合法合规的前提下进行适当调整，以达成双方都能接受的解决方案。
查看企业的规章制度。企业的规章制度需是合法制定并向员工公示过的。规章制度中应明确旷工的定义、旷工的处理流程以及达到何种旷工天数属于严重违反规章制度。若员工的旷工行为符合企业规章制度中严重违纪的标准，企业可依据规章制度对员工进行处理。
按照法定程序处理。如果企业决定与旷工员工解除劳动合同，要遵循法定程序。提前通知工会，听取工会的意见，并向员工送达解除劳动合同的书面通知，说明解除的原因和依据。同时，企业要妥善保存与调岗、旷工相关的证据，如调岗通知、沟通记录、考勤记录等，以防员工提起劳动仲裁或诉讼时，企业能够提供有力的证据支持自己的决定。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第四十条
有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
