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保险合同约定仲裁一般不能对抗第三者起诉赔偿。
仲裁是基于合同双方当事人的约定，仅对合同的签订主体具有约束力。保险合同通常是投保人与保险人之间签订的协议，其中约定的仲裁条款，是双方就彼此之间可能发生的争议解决方式达成的一致意见。而第三者并非保险合同的签订方，不受该仲裁条款的约束。
当第三者因保险事故受到损害并要求赔偿时，第三者有权利依据相关法律规定，通过向法院提起诉讼的方式来维护自己的合法权益。例如在机动车交通事故责任纠纷中，受害人作为第三者，其遭受了人身伤害或者财产损失，根据《道路交通安全法》以及《民法典》侵权责任编等相关法律规定，有权向侵权人以及保险公司主张赔偿。即使保险公司与投保人之间的保险合同约定了仲裁条款，也不能以此限制第三者向法院起诉要求赔偿的权利。
从法律关系的角度来看，第三者与保险公司之间可能形成的是一种法定的赔偿关系，这种关系是基于法律的直接规定而产生的，与保险合同双方之间的约定关系是不同的法律关系。所以，保险合同约定的仲裁条款不能突破合同的相对性去约束合同之外的第三者。
从保障受害者权益的角度出发，如果允许保险合同约定的仲裁条款对抗第三者起诉赔偿，那么可能会导致第三者维权困难，无法及时有效地获得赔偿，这与法律保护受害人合法权益的宗旨相违背。因此，在司法实践中，法院通常会受理第三者的起诉，而不会以保险合同约定了仲裁为由驳回起诉。
法律依据：
《中华人民共和国保险法》 第六十五条
保险人对责任保险的被保险人给第三者造成的损害，可以依照法律的规定或者合同的约定，直接向该第三者赔偿保险金。
责任保险的被保险人给第三者造成损害，被保险人对第三者应负的赔偿责任确定的，根据被保险人的请求，保险人应当直接向该第三者赔偿保险金。被保险人怠于请求的，第三者有权就其应获赔偿部分直接向保险人请求赔偿保险金。
责任保险的被保险人给第三者造成损害，被保险人未向该第三者赔偿的，保险人不得向被保险人赔偿保险金。
责任保险是指以被保险人对第三者依法应负的赔偿责任为保险标的的保险。
