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集资房和小产权房（农民房）在土地性质、建设主体、产权情况、交易限制等方面存在明显区别。
从土地性质来看，集资房一般是利用单位自有土地进行建设，土地性质通常为国有划拨土地。而小产权房（农民房）是在集体土地上建设的，这类集体土地主要是农村集体所有的宅基地、集体建设用地等。
建设主体方面，集资房是由企事业单位组织，向本单位职工筹集资金建设的住房，目的是解决职工的住房问题。小产权房（农民房）的建设主体则比较多样，可能是农民个人、村委会或者一些不具备开发资质的组织等。
产权情况上，集资房在补交土地出让金等相关费用后，是可以办理正规的房产证的，拥有完全的产权。但在未补交费用前，产权可能存在一定限制。小产权房（农民房）由于土地性质为集体所有，通常无法办理由国家房管部门颁发的正式房产证，只有乡镇政府或村委会颁发的证书，甚至可能没有任何产权证书，其产权不受法律的全面保护。
交易限制也有所不同。集资房在符合一定条件，如取得房产证且满足单位规定的上市交易年限等要求后，可以进入市场进行交易。而小产权房（农民房）的交易受到严格限制，因为其土地属于集体所有，按照法律规定，一般只能在本集体经济组织内部成员之间进行交易，向非本集体成员出售的行为不受法律保护，购买者的权益面临较大风险。
在质量和配套设施上，集资房由于是企事业单位组织建设，通常在建设标准、质量监管和配套设施方面有一定的保障。小产权房（农民房）建设相对缺乏规范的监管，质量参差不齐，配套设施也可能不够完善，难以满足居民长期的生活需求。
法律依据：
《经济适用住房管理办法》 第二条
本办法所称经济适用住房，是指政府提供政策优惠，限定套型面积和销售价格，按照合理标准建设，面向城市低收入住房困难家庭供应，具有保障性质的政策性住房。本办法所称城市低收入住房困难家庭，是指城市和县人民政府所在地镇的范围内，家庭收入、住房状况等符合市、县人民政府规定条件的家庭。
《经济适用住房管理办法》 第三十五条
单位集资合作建房是经济适用住房的组成部分，其建设标准、优惠政策、供应对象、产权关系等均按照经济适用住房的有关规定严格执行。单位集资合作建房应当纳入当地经济适用住房建设计划和用地计划管理。
