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买卖合同印花税应按照合同所列的金额（不包括列明的增值税税款）乘以适用税率来计算，税率为价款的万分之三。
在计算买卖合同印花税时，首先要明确计税依据。根据相关规定，应税合同的计税依据，为合同所列的金额，这里特别强调不包括列明的增值税税款。也就是说，如果合同中分别明确列出了价款和增值税额，那么计算印花税时仅以价款部分作为计税基础。
例如，一份买卖合同中，货物价款为 100 万元，增值税额为 13 万元，合同明确分别列示了这两个金额，那么计税依据就是 100 万元。
接着是税率的确定，买卖合同印花税的税率为万分之三。用计税依据乘以税率就能得出应缴纳的印花税税额。以上述例子来说，应缴纳的印花税税额 = 1000000×0.0003 = 300 元。
需要注意的是，如果合同中价款和增值税没有分开列明，那么就按照合同所列的全部金额作为计税依据。比如合同中只写了价税合计 113 万元，没有分别列示价款和增值税，此时就以 113 万元作为计税依据来计算印花税，应缴纳的印花税税额 = 1130000×0.0003 = 339 元。
另外，不同地区可能在印花税的征收管理上存在一些细微差异，企业或个人在实际缴纳时，要按照当地税务机关的具体要求和规定进行操作。同时，税务政策可能会随着时间推移而发生变化，纳税人需要及时关注相关政策动态，确保准确计算和缴纳印花税。
法律依据：
《中华人民共和国印花税法》 第六条
应税合同、产权转移书据未列明金额的，印花税的计税依据按照实际结算的金额确定。计税依据按照前款规定仍不能确定的，按照书立合同、产权转移书据时的市场价格确定；依法应当执行政府定价或者政府指导价的，按照国家有关规定确定。
