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合法行医与非法行医在主体资格、行为合法性、法律责任等方面存在明显区别。
主体资格方面，合法行医要求行医者具备相应的资质。依据《执业医师法》等相关规定，医师需通过国家统一的医师资格考试，取得医师资格证书，并在卫生行政部门注册，获得医师执业证书后，方可在注册的执业地点、执业类别、执业范围内从事相应的医疗活动。而非法行医的主体通常不具备这些合法资质，比如未取得医师资格证书的人擅自开展诊疗活动，或者虽有医师资格但未进行注册便行医，还有超出注册的执业地点、类别、范围行医的情况。
行为合法性方面，合法行医严格遵守医疗卫生管理法律、行政法规、部门规章和诊疗护理规范、常规。医疗机构的设立需经过卫生行政部门的审批，取得《医疗机构执业许可证》，并且在运营过程中要按照规定的标准和程序开展医疗服务，保障医疗质量和患者安全。非法行医则违反了这些法律法规和规范，可能表现为在不具备基本医疗条件的场所开展诊疗，使用不符合规定的药品、医疗器械，或者采用未经科学验证的治疗方法等。
法律责任方面，合法行医在正常的医疗活动中，如果因不可抗力或难以避免的医疗意外等情况导致不良后果，一般按照医疗纠纷的相关程序处理，通过协商、调解或民事诉讼等途径解决。而非法行医是违法行为，根据情节轻重承担不同的法律责任。情节较轻的，可能会受到行政处罚，包括警告、罚款、没收违法所得、吊销执业证书等；情节严重的，将构成非法行医罪，依据《刑法》的相关规定，可处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
法律依据：
《中华人民共和国基本医疗卫生与健康促进法》 第九十九条
违反本法规定，未取得医疗机构执业许可证擅自执业的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令停止执业活动，没收违法所得和药品、医疗器械，并处违法所得五倍以上二十倍以下的罚款，违法所得不足一万元的，按一万元计算。
违反本法规定，伪造、变造、买卖、出租、出借医疗机构执业许可证的，由县级以上人民政府卫生健康主管部门责令改正，没收违法所得，并处违法所得五倍以上十五倍以下的罚款，违法所得不足一万元的，按一万元计算；情节严重的，吊销医疗机构执业许可证。
