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不动产证和房屋所有权证主要在证件内容、监制机关、证件性质和费用方面存在区别。不动产证是房产证和土地证的合一，内容更详细；监制机关不同；不动产证是不动产权属证书，而房屋所有权证仅证明房屋所有权；费用上办理不动产证无需单独缴纳土地登记费。
一、证件内容不同。房屋所有权证主要记载房屋所有权人、共有情况、房屋坐落、登记时间、房屋性质、规划用途、房屋状况和土地状况。而不动产证相比之下内容更加详细，除了上述信息外，还增加了镭射区、不动产单元号、使用期限等内容。不动产单元号具有唯一代码，相当于证书记录的不动产在全国范围内唯一的“身份证号”，通过该号码可以锁定该不动产信息。
二、监制机关不同。房屋所有权证的监制单位是中华人民共和国住房和城乡建设部，国务院机构改革前，是中华人民共和国建设部。而不动产证的监制单位是中华人民共和国国土资源部。
三、证件性质不同。房屋所有权证是权利人享有房屋所有权的证明，它只针对房屋这一不动产。而不动产证是不动产权属证书，是权利人享有该不动产物权的证明，它涵盖了土地、房屋等多种不动产类型，是房产证和土地证的“二合一”。
四、费用不同。办理房屋所有权证时，需要分别办理房产证和土地证，可能涉及两次登记费用。而不动产证将两者合二为一，办理时只需缴纳一次登记费用，无需再单独缴纳土地登记费。
虽然不动产证和房屋所有权证存在上述区别，但无论是持有房屋所有权证还是不动产证，权利人的合法权益都受到法律保护。随着不动产统一登记制度的推进，不动产证逐渐取代房屋所有权证成为主流的产权证书形式。
法律依据：
《不动产登记暂行条例》 第四条
国家实行不动产统一登记制度。不动产登记遵循严格管理、稳定连续、方便群众的原则。不动产权利人已经依法享有的不动产权利，不因登记机构和登记程序的改变而受到影响。
《土地管理法》 第十二条
土地的所有权和使用权的登记，依照有关不动产登记的法律、行政法规执行。依法登记的土地的所有权和使用权受法律保护，任何单位和个人不得侵犯。
《城市房地产管理法》 第六十条
国家实行土地使用权和房屋所有权登记发证制度。
