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增值税发票丢失应区分不同联次和发票类型进行处理，一般需要报告税务机关、登报声明（部分情况）、取得相应证明等。
丢失空白发票：无论是增值税专用发票还是增值税普通发票，纳税人丢失空白发票，都应当于发现丢失当日书面报告税务机关，并登报声明作废。然后填报《发票挂失损毁报告表》，持税控设备到主管税务机关或自行办理电子发票退回或作废手续。
丢失已开具的增值税专用发票：
1. 同时丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联：如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》或《丢失货物运输业增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证；如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
2. 丢失已开具专用发票的抵扣联：如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
3. 丢失已开具专用发票的发票联：可将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。
丢失已开具的增值税普通发票：取得发票方应取得原开出单位盖有公章的证明，并注明原来凭证的号码、金额和内容等，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，才能代作原始凭证。如果确实无法取得证明的，如火车、轮船、飞机票等凭证，由当事人写出详细情况，由经办单位会计机构负责人、会计主管人员和单位领导人批准后，代作原始凭证。
总之，增值税发票丢失后要及时按规定处理，避免因处理不当带来税务风险。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》 第四十七条
纳税人有税收征管法第三十五条或者第三十七条所列情形之一的，税务机关有权采用下列任何一种方法核定其应纳税额：
（一）参照当地同类行业或者类似行业中经营规模和收入水平相近的纳税人的税负水平核定；
（二）按照营业收入或者成本加合理的费用和利润的方法核定；
（三）按照耗用的原材料、燃料、动力等推算或者测算核定；
（四）按照其他合理方法核定。
采用前款所列一种方法不足以正确核定应纳税额时，可以同时采用两种以上的方法核定。
纳税人对税务机关采取本条规定的方法核定的应纳税额有异议的，应当提供相关证据，经税务机关认定后，调整应纳税额。
