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交通事故司法鉴定费用一般由申请鉴定的一方先行垫付，最终根据不同情况确定承担主体，可能由败诉方承担，也可能按责任比例由双方分担。
在交通事故处理中，司法鉴定费用的承担问题需要具体情况具体分析。通常情况下，当事人申请司法鉴定时，需要自己先向鉴定机构支付鉴定费用。这是因为在鉴定程序启动时，还无法明确最终的责任归属和费用承担方式。
若通过诉讼解决交通事故纠纷，根据《诉讼费用交纳办法》的规定，诉讼费用由败诉方负担，胜诉方自愿承担的除外。部分胜诉、部分败诉的，人民法院根据案件的具体情况决定当事人各自负担的诉讼费用数额。司法鉴定费用属于诉讼费用的一部分，所以在这种情况下，如果一方胜诉，鉴定费用通常会由败诉方承担。例如，在交通事故中，一方起诉要求赔偿并申请了伤残鉴定，经法院审理判决原告胜诉，那么鉴定费用一般会判定由被告承担。
如果双方都有责任，按照事故责任比例分担司法鉴定费用是比较常见的方式。比如，交警部门认定双方在事故中负同等责任，那么司法鉴定费用也可能由双方各自承担一半。这体现了公平原则，根据双方在事故中的过错程度来分配费用。
此外，如果是公安机关交通管理部门在处理交通事故过程中依职权进行鉴定，相关鉴定费用通常由公安机关交通管理部门承担，不会向当事人收取。这种情况一般是为了查明事故原因、确定事故责任等需要进行的必要鉴定。总之，交通事故司法鉴定费用的承担要综合考虑事故处理方式、责任认定结果等多方面因素。
法律依据：
《道路交通事故处理程序规定》 第五十条
检验、鉴定费用由公安机关交通管理部门承担，但法律法规另有规定或者当事人自行委托伤残评定、财产损失评估的除外。
