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小产权房因未取得合法产权证书，法院通常不会对其所有权归属进行判决，而是根据实际情况判决由一方使用，待取得完全所有权后，有争议的可以另行向人民法院提起诉讼。
小产权房一般是指在农村集体土地上建设的房屋，未缴纳土地出让金等费用，其产权证不是由国家房管部门颁发，而是由乡政府或村政府颁发，亦称“乡产权房”。由于小产权房的特殊性质，在离婚案件中对其处理有别于普通的商品房。
根据《最高人民法院关于适用《中华人民共和国民法典》婚姻家庭编的解释（一）》第七十七条规定，离婚时双方对尚未取得所有权或者尚未取得完全所有权的房屋有争议且协商不成的，人民法院不宜判决房屋所有权的归属，应当根据实际情况判决由当事人使用。所以在涉及小产权房的离婚案件中，法院首先会尊重双方当事人的协商结果，如果双方能够就小产权房的使用达成一致意见，法院会按照双方的协议进行处理。
若双方无法协商一致，法院会综合考虑多方面因素来判决房屋由哪一方使用。例如，会考虑双方的居住需求，若一方没有其他住房，而另一方有其他住处，可能会优先考虑将小产权房判给无房一方使用；也会考虑抚养子女的情况，如果子女随一方生活，为了保障子女的稳定生活环境，可能会将小产权房判给抚养子女的一方使用。
需要注意的是，法院判决的只是房屋的使用权，而非所有权。待小产权房取得完全所有权后，如果双方对房屋的归属仍有争议，可以另行向人民法院提起诉讼，由法院根据具体情况对房屋所有权进行判决。此外，小产权房的交易和处理还受到当地政策的影响，不同地区可能存在差异。
法律依据：
《民法典》 第一千零八十七条
离婚时，夫妻的共同财产由双方协议处理；协议不成的，由人民法院根据财产的具体情况，按照照顾子女、女方和无过错方权益的原则判决。对夫或者妻在家庭土地承包经营中享有的权益等，应当依法予以保护。
