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负责办理房屋过户的部门是各地的不动产登记机构。
在我国，根据《不动产登记暂行条例》的相关规定，不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。
过去，房产过户等相关业务由多个部门分散管理，比如房屋登记在房产管理部门，土地登记在土地管理部门等。但随着不动产统一登记制度的实施，现在整合了原来分散在多个部门的职责，由专门的不动产登记机构来统一负责房屋等不动产的登记、过户等工作。
不动产登记机构的职责范围广泛，涵盖了各类不动产权利的首次登记、变更登记、转移登记、注销登记等。对于房屋过户而言，无论是因买卖、赠与、继承等何种原因导致的产权转移，都需要到当地的不动产登记机构办理相关手续。
当要办理房屋过户时，当事人需要准备一系列的材料，例如双方的身份证明、房屋产权证书、买卖合同（如果是买卖过户）、赠与合同（如果是赠与过户）、遗嘱或公证书（如果是继承过户）等。然后前往不动产登记机构提出申请，机构会对提交的材料进行审核，必要时还可能进行实地查看等调查工作。审核通过后，会将相关的产权变更信息记载于不动产登记簿，并向权利人核发新的不动产权证书。通过这种统一的登记管理，提高了办事效率，也保障了不动产交易的安全和稳定。
法律依据：
《不动产登记暂行条例》 第六条
国务院国土资源主管部门负责指导、监督全国不动产登记工作。县级以上地方人民政府应当确定一个部门为本行政区域的不动产登记机构，负责不动产登记工作，并接受上级人民政府不动产登记主管部门的指导、监督。
第七条
不动产登记由不动产所在地的县级人民政府不动产登记机构办理；直辖市、设区的市人民政府可以确定本级不动产登记机构统一办理所属各区的不动产登记。
