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分居协议书和离婚协议的区别主要体现在目的、效力和内容等方面。分居协议是夫妻决定分居时签订，不必然导致婚姻关系解除；离婚协议是为解除婚姻关系而签订，办理离婚登记后婚姻关系终止。
从目的方面来看，分居协议的目的在于明确夫妻在分居期间的权利和义务，夫妻双方在保留婚姻关系的前提下，暂时分开生活，以此来缓解夫妻矛盾或处理其他生活事务等。而离婚协议的目的非常明确，就是为了结束婚姻关系，它是夫妻双方就离婚相关事宜达成一致意见的书面文件。
在效力上，分居协议并不具有解除婚姻关系的效力，无论分居时间多长，只要没有通过法定程序办理离婚手续，夫妻关系依然存续。分居协议主要约束夫妻在分居期间的行为和财产等方面的关系。而离婚协议在夫妻双方办理离婚登记，经过婚姻登记机关备案后，就会产生解除婚姻关系的法律效力，同时协议中的各项约定，如子女抚养、财产分割等内容也具有法律约束力。
内容上也存在差异。分居协议的内容通常包括分居的期限、分居期间各自的居住安排、子女的临时抚养方式、财产的管理和使用等。它重点关注的是分居期间夫妻的生活状态和相关事务的处理。离婚协议的内容则更为全面和复杂，除了子女抚养、财产分割外，还涉及债务的承担等问题。对于子女抚养，要明确抚养权归属、抚养费的数额和支付方式等；财产分割要对夫妻共同财产进行详细的划分；债务承担要确定哪些是夫妻共同债务，如何分担等。
综上所述，分居协议书和离婚协议在目的、效力和内容等多个方面都存在明显的区别，夫妻双方应根据自身的实际需求和情况来选择签订合适的协议。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一千零七十六条
夫妻双方自愿离婚的，应当签订书面离婚协议，并亲自到婚姻登记机关申请离婚登记。
离婚协议应当载明双方自愿离婚的意思表示和对子女抚养、财产以及债务处理等事项协商一致的意见。
