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当主合同与补充协议冲突时，通常以补充协议为准来处理，但存在特殊情况需具体分析。
在合同法律关系中，补充协议是对主合同的补充和变更。一般情况下，补充协议的效力优先于主合同。因为补充协议是在主合同签订后，双方当事人根据新的情况或对原合同某些条款进行进一步约定而达成的协议。它反映了双方在后续阶段对合同内容的新的意思表示，所以应当以补充协议的规定来确定双方的权利和义务。
然而，这并不是绝对的。如果补充协议中明确规定其某些条款仅为对主合同的补充说明，并不改变主合同的主要条款，或者补充协议的签订存在无效或可撤销的情形，那么就不能简单地以补充协议为准。例如，补充协议的签订是在一方受到欺诈、胁迫等违背真实意思的情况下达成的，受损害方有权请求人民法院或者仲裁机构予以撤销。一旦补充协议被撤销，就应当按照主合同的约定来处理。
另外，如果主合同是经过特殊程序签订的，如经过审批、登记等法定手续的合同，补充协议的内容如果涉及到需要重新办理审批、登记等手续而未办理的，可能会影响其效力。在这种情况下，也需要综合考虑相关法律规定和具体情况来判断如何处理冲突。
当主合同与补充协议发生冲突时，双方当事人首先应当友好协商，根据合同的目的、交易习惯等因素来确定如何适用合同条款。如果协商不成，可以通过向人民法院提起诉讼或者依据合同中的仲裁条款申请仲裁等方式，由司法机关或仲裁机构根据具体情况和相关法律规定作出公正的裁决。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第五百一十条
合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同相关条款或者交易习惯确定。
第五百三十三条
合同成立后，合同的基础条件发生了当事人在订立合同时无法预见的、不属于商业风险的重大变化，继续履行合同对于当事人一方明显不公平的，受不利影响的当事人可以与对方重新协商；在合理期限内协商不成的，当事人可以请求人民法院或者仲裁机构变更或者解除合同。
人民法院或者仲裁机构应当结合案件的实际情况，根据公平原则变更或者解除合同。
