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中标人不签合同，代理机构是否存在问题需要依据具体情况判断。若代理机构严格按照法律法规和招标程序操作，无违规行为，则通常无问题；若代理机构在招标过程中有违规操作或未履行应尽职责，就可能存在问题。
在招投标活动中，代理机构承担着重要的职责，其行为需符合相关法律法规和行业规范。如果代理机构在整个招标过程中严格遵循法定程序，从招标公告的发布、招标文件的编制、开标评标等环节都依法依规进行，并且在中标结果确定后，及时、准确地通知了中标人签订合同，那么中标人不签合同，一般来说代理机构并无直接责任。
若代理机构存在一些不当行为，就可能需要承担相应责任。例如，代理机构编制的招标文件存在重大缺陷，对合同主要条款表述不清或者存在歧义，导致中标人对合同内容产生误解而不愿意签订合同，这种情况下代理机构就存在明显问题。因为代理机构有义务编制清晰、准确的招标文件，以保障招投标活动的顺利进行。
如果代理机构在评标过程中存在违规操作，如与某些投标人串通、操纵评标结果等，即使确定了中标人，中标人可能因为发现了这些违规行为而拒绝签订合同。此时，代理机构的违规行为是导致中标人不签合同的直接原因，代理机构不仅要对中标人不签合同的后果负责，还可能面临法律的制裁。
还有，若代理机构未按照规定及时通知中标人签订合同，或者在通知过程中出现延误、错误等情况，使得中标人错过签订合同的最佳时机或者对签订合同的要求不明确，进而导致中标人不签合同，代理机构也存在一定过错。
综上所述，中标人不签合同，代理机构是否有问题要结合其在整个招标过程中的具体行为来判断。若代理机构依法依规履行职责，通常无需对中标人不签合同负责；若存在违规或失职行为，则可能要承担相应责任。
法律依据：
《中华人民共和国招标投标法实施条例》 第七十四条
中标人无正当理由不与招标人订立合同，在签订合同时向招标人提出附加条件，或者不按照招标文件要求提交履约保证金的，取消其中标资格，投标保证金不予退还。对依法必须进行招标的项目的中标人，由有关行政监督部门责令改正，可以处中标项目金额10‰以下的罚款。
