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劳动合同与协议在法律上存在多方面区别，在性质上，劳动合同是确立劳动关系的特殊协议；在主体上，劳动合同主体特定，协议主体更广泛；在内容上，劳动合同受法律严格约束，协议内容更具自主性；在适用法律上，劳动合同适用劳动法等，协议适用民法典等。
从性质上来说，劳动合同是一种特殊的协议。它是劳动者与用人单位之间确立劳动关系、明确双方权利和义务的协议，具有很强的人身属性。而协议的范围则更为宽泛，是平等主体之间设立、变更、终止民事权利义务关系的协议，涵盖了各种民事领域的约定。
主体方面存在差异。劳动合同的主体是特定的，一方是劳动者，另一方是用人单位，用人单位必须是依法成立的企业、个体经济组织、民办非企业单位等组织，以及国家机关、事业单位、社会团体。而协议的主体范围广泛，可以是自然人、法人或者其他组织，主体之间的地位完全平等。
内容上也有所不同。劳动合同的内容受到法律的严格约束，必须具备法定的必备条款，如工作内容、工作地点、劳动报酬、社会保险等。这些条款是为了保障劳动者的基本权益，用人单位不能随意变更或排除。而协议的内容则更加灵活自主，只要不违反法律、行政法规的强制性规定，不损害国家、集体和他人的合法权益，双方可以自由约定各项条款。
适用的法律不同。劳动合同主要受《中华人民共和国劳动法》《中华人民共和国劳动合同法》等劳动法律法规的调整，这些法律更侧重于保护劳动者的权益，对用人单位的义务和责任有较多的规定。而协议一般适用《中华人民共和国民法典》等民事法律，强调当事人意思自治，遵循平等、自愿、公平等原则。
法律依据：
《中华人民共和国劳动合同法》 第十七条
劳动合同应当具备以下条款：
(一)用人单位的名称、住所和法定代表人或者主要负责人；
(二)劳动者的姓名、住址和居民身份证或者其他有效身份证件号码；
(三)劳动合同期限；
(四)工作内容和工作地点；
(五)工作时间和休息休假；
(六)劳动报酬；
(七)社会保险；
(八)劳动保护、劳动条件和职业危害防护；
(九)法律、法规规定应当纳入劳动合同的其他事项。
劳动合同除前款规定的必备条款外，用人单位与劳动者可以约定试用期、培训、保守秘密、补充保险和福利待遇等其他事项。
