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员工旷工工资扣除需依据合法有效的规章制度执行，通常是按照旷工天数扣除相应的日工资，不能随意超额扣除，且扣除后剩余工资不得低于当地月最低工资标准。
关于员工旷工工资的扣除，企业应遵循相关法律法规。根据《工资支付暂行规定》，用人单位不得克扣劳动者工资，但因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除，但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
在实际操作中，企业需有合法有效的规章制度作为支撑。企业制定的规章制度应通过民主程序制定，即经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定，并且要向劳动者公示。只有这样的规章制度才具有法律效力，企业才能依据其对旷工员工进行工资扣除。
一般而言，旷工工资扣除是按照旷工天数来计算的。例如，员工的日工资是通过月工资总额除以月计薪天数（通常为21.75天）得出，那么旷工一天就扣除一天的工资。但企业不能随意扩大扣除范围或者超额扣除工资。比如，不能因为员工旷工一天就扣除三天甚至更多天的工资，这种做法是不合法的。
如果员工旷工给企业造成了实际的经济损失，企业可以要求员工赔偿。不过，企业需要有充分的证据证明损失的存在以及损失与员工旷工之间的因果关系。在扣除赔偿金额时，同样要遵循上述每月扣除不超过当月工资20%且剩余工资不低于当地最低工资标准的规定。企业在处理员工旷工工资扣除问题时，要严格依法依规进行，保障劳动者的合法权益。
法律依据：
《工资支付暂行规定》 第十六条
因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。
