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流转合同和转让合同主要在定义、权利转移程度、主体限制、合同期限等方面存在区别。
从定义来看，流转合同是指农村土地承包经营权人将土地经营权以出租、入股或者其他方式向他人流转而签订的合同。而转让合同是指承包人将其拥有的未到期的土地承包经营权以一定的方式和条件移转给他人的行为所签订的合同。
在权利转移程度方面，流转一般不发生土地承包经营权的彻底转移，承包方仍保留承包权，只是将经营权流转出去。比如农户将自己承包的土地出租给他人耕种，在租赁期间，承租方获得土地的经营使用权利，但农户在租赁期结束后仍可收回经营权。而转让则是承包方将土地承包经营权让渡给受让方，受让方成为新的土地承包经营权人，原承包方则完全丧失土地承包经营权。
主体限制上，流转的受让方可以是本集体经济组织以外的单位或者个人，只要受让方具有农业经营能力即可。而土地承包经营权转让时，受让方一般必须是从事农业生产经营的农户，并且通常需要发包方的同意。例如，在一些农村地区，将土地转让给外村人用于非农业建设是不被允许的。
合同期限方面，流转的期限不得超过承包期的剩余期限。例如，某农户的土地承包期还剩10年，那么其流转土地的期限最长也只能是10年。而转让一旦完成，受让方所获得的土地承包经营权的期限为原承包合同未履行的剩余期限。
流转合同和转让合同的区别是多方面的，在涉及土地相关交易时，当事人需要根据自身需求和实际情况，准确区分并选择合适的合同类型，以保障自身合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国农村土地承包法》 第三十四条
经发包方同意，承包方可以将全部或者部分的土地承包经营权转让给本集体经济组织的其他农户，由该农户同发包方确立新的承包关系，原承包方与发包方在该土地上的承包关系即行终止。
第三十六条
承包方可以自主决定依法采取出租（转包）、入股或者其他方式向他人流转土地经营权，并向发包方备案。
第四十一条
土地经营权流转期限为五年以上的，当事人可以向登记机构申请土地经营权登记。未经登记，不得对抗善意第三人。
