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保证期间与诉讼时效在性质、起算点、计算方式、法律效力等方面存在明显区别。
性质方面，保证期间是除斥期间，是法律规定的不变期间，不因任何事由发生中断、中止、延长的法律后果。它是一种权利存续期间，期间经过，权利本身消灭。而诉讼时效是可变期间，会因法定事由的出现而发生中断、中止和延长。它是一种权利行使的时间限制，期间经过，只是导致胜诉权的丧失，实体权利本身并不消灭。
起算点方面，保证期间的起算点通常由当事人约定，如果没有约定，一般自主债务履行期届满之日起开始计算。而诉讼时效的起算点，一般是自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。在保证合同中，一般保证的债权人在保证期间届满前对债务人提起诉讼或者申请仲裁的，从保证人拒绝承担保证责任的权利消灭之日起，开始计算保证债务的诉讼时效；连带责任保证的债权人在保证期间届满前请求保证人承担保证责任的，从债权人请求保证人承担保证责任之日起，开始计算保证债务的诉讼时效。
计算方式方面，保证期间是一个固定的时间段，一旦确定，不会发生变化。例如当事人约定保证期间为6个月，那么这个期间就是固定的6个月。而诉讼时效在符合法定条件时会发生变化。比如在诉讼时效期间的最后六个月内，因不可抗力等法定事由，诉讼时效会中止，自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满；如果权利人向义务人提出履行请求等法定事由，诉讼时效会中断，从中断时起，诉讼时效期间重新计算。
法律效力方面，在保证期间内，债权人未按照法律规定或合同约定行使权利的，保证人的保证责任消灭。而诉讼时效期间届满后，债务人获得诉讼时效抗辩权，但如果债务人自愿履行债务的，不得请求返还。并且法院不得主动适用诉讼时效的规定。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第六百九十二条
保证期间是确定保证人承担保证责任的期间，不发生中止、中断和延长。
债权人与保证人可以约定保证期间，但是约定的保证期间早于主债务履行期限或者与主债务履行期限同时届满的，视为没有约定；没有约定或者约定不明确的，保证期间为主债务履行期限届满之日起六个月。
债权人与债务人对主债务履行期限没有约定或者约定不明确的，保证期间自债权人请求债务人履行债务的宽限期届满之日起计算。
