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借款合同担保人无效时，需根据具体情形来处理各方责任。若主合同有效而担保合同无效，债权人无过错的，担保人与债务人对主合同债权人的经济损失承担连带赔偿责任；债权人、担保人有过错的，担保人承担民事责任的部分不超过债务人不能清偿部分的二分之一。若主合同无效导致担保合同无效，担保人无过错的，不承担民事责任；担保人有过错的，承担民事责任的部分不超过债务人不能清偿部分的三分之一。相关纠纷可通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决。
要明确借款合同担保人无效的原因。常见的导致担保合同无效的情形包括主体不适格，如国家机关、以公益为目的的事业单位、社会团体违反规定提供担保；担保合同形式不合法，如应当采用书面形式而未采用；主合同无效导致担保合同无效等。
当主合同有效而担保合同无效时，如果债权人没有过错，这意味着债权人在整个交易过程中尽到了合理的注意义务，那么担保人与债务人对主合同债权人的经济损失要承担连带赔偿责任。也就是说，债权人可以要求担保人或者债务人任何一方承担全部的赔偿责任。例如，甲向乙借款，丙提供担保，但丙是无民事行为能力人导致担保合同无效，而乙并不知情且已尽合理审查义务，此时乙的损失甲和丙需连带赔偿。
若债权人、担保人都有过错，这种情况下，担保人承担民事责任的部分不超过债务人不能清偿部分的二分之一。比如，债权人在明知担保人资格可能存在问题但未进一步核实，而担保人自身也存在隐瞒情况等过错，就会适用此规则。
当主合同无效导致担保合同无效时，若担保人无过错，那么担保人无需承担民事责任。因为担保合同的效力依附于主合同，主合同无效非因担保人导致，其不应担责。若担保人有过错，例如担保人明知主合同违法仍提供担保，此时担保人承担民事责任的部分不超过债务人不能清偿部分的三分之一。
在确定各方责任后，对于相关纠纷的解决，当事人可以先尝试协商，友好地就赔偿等问题达成一致。若协商不成，可以寻求第三方调解机构进行调解。如果事先在合同中有约定仲裁条款，还可以申请仲裁。若以上方式都无法解决，当事人可以向有管辖权的人民法院提起诉讼，通过司法途径来维护自己的合法权益。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第六百八十四条
保证合同的内容一般包括被保证的主债权的种类、数额，债务人履行债务的期限，保证的方式、范围和期间等条款。
第六百八十五条
保证合同可以是单独订立的书面合同，也可以是主债权债务合同中的保证条款。
第三人单方以书面形式向债权人作出保证，债权人接收且未提出异议的，保证合同成立。
