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特许经营权所得属于特许权使用费所得，以每次收入减除费用后的余额为收入额，每次收入不超过四千元的，减除费用按八百元计算；每次收入四千元以上的，减除费用按收入的百分之二十计算。以每次收入额为应纳税所得额，适用百分之二十至百分之四十的超额累进预扣率计算预扣预缴税额。年度终了后并入综合所得，进行汇算清缴，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。
明确相关定义。特许经营权是指由权利当局授予个人或法人实体的一项特权。在个人所得税领域，个人提供或转让特许经营权获得的所得，归类为特许权使用费所得。
对于预扣预缴阶段的计算。根据规定，每次收入不超过四千元的，减除费用按八百元计算。例如，小李转让一项特许经营权获得收入3000元，那么他的收入额就是3000-800 = 2200元，预扣预缴税额为2200×20% = 440元。
如果每次收入四千元以上的，减除费用按收入的百分之二十计算。比如小张转让特许经营权取得收入5000元，其收入额为5000×(1-20%) = 4000元，预扣预缴税额为4000×20% = 800元。
预扣预缴时，适用的是百分之二十至百分之四十的超额累进预扣率。具体来说，应纳税所得额不超过20000元的部分，预扣率为20%；超过20000元至50000元的部分，预扣率为30%，速算扣除数为2000元；超过50000元的部分，预扣率为40%，速算扣除数为7000元。
到了年度汇算清缴时，特许权使用费所得要并入综合所得。综合所得包括工资、薪金所得，劳务报酬所得，稿酬所得，特许权使用费所得。将全年的综合所得收入额减除六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额，适用百分之三至百分之四十五的超额累进税率。这样做是为了更准确地计算纳税人全年应缴纳的个人所得税，实现多退少补。
法律依据：
《中华人民共和国个人所得税法》 第六条
应纳税所得额的计算：
（一）居民个人的综合所得，以每一纳税年度的收入额减除费用六万元以及专项扣除、专项附加扣除和依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
（二）非居民个人的工资、薪金所得，以每月收入额减除费用五千元后的余额为应纳税所得额；劳务报酬所得、稿酬所得、特许权使用费所得，以每次收入额为应纳税所得额。
（三）经营所得，以每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，为应纳税所得额。
（四）财产租赁所得，每次收入不超过四千元的，减除费用八百元；四千元以上的，减除百分之二十的费用，其余额为应纳税所得额。
（五）财产转让所得，以转让财产的收入额减除财产原值和合理费用后的余额，为应纳税所得额。
（六）利息、股息、红利所得和偶然所得，以每次收入额为应纳税所得额。
