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非法行医主要由卫生健康行政部门管辖，此外，公安部门、市场监管部门等在特定情况下也会参与相关工作。
卫生健康行政部门是对非法行医行为进行监管和查处的主要部门。依据《医疗机构管理条例》和《执业医师法》等相关法律法规，卫生健康行政部门负责医疗机构和医务人员的准入管理。对于未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业的，或者医师未经注册取得执业证书行医等非法行医行为，卫生健康行政部门有权进行调查、认定和处罚。其可以采取责令停止执业活动、没收违法所得和药品、器械，并处以罚款等措施。如果非法行医情节严重，涉嫌犯罪的，卫生健康行政部门会将案件移送至司法机关处理。
公安部门在非法行医案件中也扮演着重要角色。当非法行医行为造成就诊人身体健康受到严重损害甚至死亡，或者非法行医情节恶劣，达到《刑法》中非法行医罪的立案标准时，公安部门会介入侦查。根据《最高人民检察院、公安部关于公安机关管辖的刑事案件立案追诉标准的规定（一）》，未取得医生执业资格的人非法行医，造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或者造成甲类传染病传播、流行或者有传播、流行危险等情形的，将予以立案追诉。
市场监管部门主要负责对非法行医过程中涉及的药品、医疗器械等方面的监管。如果非法行医者使用的药品为假药、劣药，或者使用的医疗器械不符合相关标准，市场监管部门会依据《药品管理法》《医疗器械监督管理条例》等法律法规进行查处。
综上所述，非法行医行为通常由卫生健康行政部门进行日常监管和一般违法情形的处理，公安部门负责涉及犯罪的侦查工作，市场监管部门负责相关药品、医疗器械等方面的监管，各部门相互协作，共同打击非法行医行为。
法律依据：
《中华人民共和国刑法》 第三百三十六条
未取得医生执业资格的人非法行医，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
未取得医生执业资格的人擅自为他人进行节育复通手术、假节育手术、终止妊娠手术或者摘取宫内节育器，情节严重的，处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金；严重损害就诊人身体健康的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金；造成就诊人死亡的，处十年以上有期徒刑，并处罚金。
