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个人独资企业与有限公司在税收上存在诸多区别，主要体现在所得税缴纳、税收优惠政策、纳税申报要求等方面。个人独资企业缴纳个人所得税，有限公司缴纳企业所得税，且二者在税收优惠及申报流程等方面也各有不同。
一、所得税缴纳
个人独资企业不缴纳企业所得税，而是缴纳个人所得税。根据《中华人民共和国个人所得税法》及其实施条例，个人独资企业以投资者为纳税义务人，每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%-35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
有限公司需要缴纳企业所得税。企业所得税的税率一般为25%。符合条件的小型微利企业，减按20%的税率征收企业所得税；国家需要重点扶持的高新技术企业，减按15％的税率征收企业所得税。企业在缴纳企业所得税后，股东从公司获取股息、红利时，还需要缴纳个人所得税，税率为20%。
二、税收优惠政策
个人独资企业在一些地区可能会有核定征收的政策优惠。核定征收是指税务机关根据纳税人情况，在正常生产经营条件下，对其生产的应税产品查实核定产量和销售额，然后依照税法规定的税率征收税款的征收方式。通过核定征收，个人独资企业可以降低税负。
有限公司则可以享受更多针对企业的税收优惠政策。比如研发费用加计扣除政策，企业开展研发活动中实际发生的研发费用，未形成无形资产计入当期损益的，在按规定据实扣除的基础上，再按照实际发生额的一定比例在税前加计扣除；形成无形资产的，按照无形资产成本的一定比例在税前摊销。
三、纳税申报要求
个人独资企业的纳税申报相对简单。投资者应在每月或者每季度终了后7日内预缴，年度终了后3个月内汇算清缴，多退少补。
有限公司的纳税申报较为复杂，需要按照规定的时间和要求进行企业所得税的季度预缴和年度汇算清缴，同时还需要对增值税、印花税等其他税种进行申报缴纳。在财务核算上，有限公司要求更为严格，需要建立健全的财务制度，准确核算收入、成本、费用等各项指标。
法律依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》 第二十五条
纳税人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实办理纳税申报，报送纳税申报表、财务会计报表以及税务机关根据实际需要要求纳税人报送的其他纳税资料。
扣缴义务人必须依照法律、行政法规规定或者税务机关依照法律、行政法规的规定确定的申报期限、申报内容如实报送代扣代缴、代收代缴税款报告表以及税务机关根据实际需要要求扣缴义务人报送的其他有关资料。
