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若合同约定的仲裁机构无效，有重新达成仲裁协议申请仲裁、向法院起诉两种处理方式。
当合同约定的仲裁机构无效时，可按以下方式处理。
首先是重新达成仲裁协议。根据《中华人民共和国仲裁法》相关规定，仲裁协议应当具有请求仲裁的意思表示、仲裁事项以及选定的仲裁委员会等内容。如果合同中约定的仲裁机构不明确、不存在或者约定的仲裁事项超出了法律规定的仲裁范围等导致仲裁机构无效，当事人可以自行协商，重新签订一份有效的仲裁协议，明确具体的仲裁机构。重新达成有效的仲裁协议后，若发生纠纷，当事人可依据新的仲裁协议向选定的仲裁机构申请仲裁。仲裁机构会按照仲裁规则对纠纷进行审理并作出裁决。这种方式的优点在于仲裁具有专业性、灵活性和高效性，能较快地解决纠纷，并且仲裁裁决具有终局性，一裁终局，能有效避免诉讼的繁琐程序。
其次是向法院起诉。如果当事人无法就重新达成仲裁协议协商一致，那么任何一方当事人都可以向有管辖权的人民法院提起诉讼。在确定管辖法院时，要依据《中华人民共和国民事诉讼法》的规定。一般来说，合同纠纷由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖，同时当事人也可以根据合同中的约定管辖条款来确定管辖法院。向法院起诉后，法院会按照民事诉讼程序进行审理，包括立案、审理、判决等环节。与仲裁相比，诉讼程序相对较为严格和复杂，但法院的判决具有强制执行力，当事人可以通过法院的强制执行程序来实现自己的权益。
法律依据：
《中华人民共和国民法典》 第一百五十三条
违反法律、行政法规的强制性规定的民事法律行为无效。但是，该强制性规定不导致该民事法律行为无效的除外。
违背公序良俗的民事法律行为无效。
第一百五十六条
民事法律行为部分无效，不影响其他部分效力的，其他部分仍然有效。
