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上海自己交社保和公司交社保在参保险种、缴费金额、退休待遇、医保报销等方面存在区别。
1. 参保险种：公司交社保通常包含养老保险、医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险这五险。而自己交社保，在上海如果是以灵活就业人员身份参保，一般只能缴纳养老保险和医疗保险；如果是缴纳城乡居民社保，包含城乡居民养老保险和城乡居民医疗保险。
2. 缴费金额：公司交社保时，社保费用由公司和个人共同承担。以养老保险为例，公司缴纳比例一般为16%，个人缴纳8%。自己交社保的话，若以灵活就业人员身份参保，养老保险缴费比例通常为24%，全部由个人承担。如果是缴纳城乡居民社保，缴费标准则分为多个档次，可根据自身经济情况选择，缴费金额相对较低。
3. 退休待遇：一般来说，公司交社保的人员在退休后养老金待遇可能相对较高。这是因为公司缴纳部分进入统筹账户，个人缴纳部分进入个人账户，缴费基数通常也较高。而自己交社保，尤其是城乡居民社保，由于缴费金额相对较少，养老金待遇可能会低于公司交社保的人员。
4. 医保报销：公司交社保的职工医保报销比例相对较高，报销范围也更广。自己交社保，如果是灵活就业人员参加职工医保，报销待遇与公司交社保的职工医保类似；但如果是参加城乡居民医保，报销比例和报销范围通常不如职工医保。
5. 参保条件：公司交社保没有户籍限制，只要在上海的企业就业，就可以由企业为其缴纳社保。自己交社保，以灵活就业人员身份参保通常要求具有上海户籍；缴纳城乡居民社保也一般要求具有上海户籍。
综上所述，上海自己交社保和公司交社保在多个方面存在明显差异，在选择参保方式时，需要根据自身的实际情况进行综合考虑。
法律依据：
《中华人民共和国社会保险法》 第六十条
用人单位应当自行申报、按时足额缴纳社会保险费，非因不可抗力等法定事由不得缓缴、减免。职工应当缴纳的社会保险费由用人单位代扣代缴，用人单位应当按月将缴纳社会保险费的明细情况告知本人。
无雇工的个体工商户、未在用人单位参加社会保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员，可以直接向社会保险费征收机构缴纳社会保险费。
