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有限公司是独立的企业法人，有独立的财产、独立承担民事责任，股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；分公司是总公司的分支机构，不具有法人资格，其民事责任由总公司承担。二者在法律地位、设立方式、承担责任方式、财务核算等方面存在明显区别。
法律地位不同。有限公司是具有独立法人资格的经济实体，拥有独立的法人财产，能够以自己的名义独立从事民事活动，独立承担民事责任。例如，在签订合同、进行诉讼等方面，有限公司可以以自身名义进行。而分公司不具备独立的法人资格，它仅仅是总公司的一个附属机构，不能独立承担民事责任，在法律上和经济上都没有独立性。
设立方式不同。有限公司的设立需要按照法定程序，包括股东签订公司章程、缴纳出资、进行工商登记等一系列手续，设立程序相对复杂。分公司的设立则相对简单，它是由总公司在其住所地之外设立的，只需向公司登记机关申请登记，领取营业执照即可。
承担责任方式不同。有限公司以其全部财产对公司的债务承担责任，股东仅以其认缴的出资额为限对公司承担责任。这意味着股东的个人财产与公司财产是分离的，公司债务一般不会涉及股东的个人财产。分公司由于不具有独立法人资格，其经营活动中产生的债务由总公司承担。如果分公司的财产不足以清偿债务，总公司需要用自己的财产进行清偿。
财务核算不同。有限公司有独立的财务核算体系，需要独立编制财务报表，进行独立的税务申报和纳税。分公司通常没有独立的财务核算体系，其财务状况一般并入总公司统一核算，但也可以在总公司的授权下进行相对独立的财务核算。
名称要求不同。有限公司的名称有严格的规范要求，一般由行政区划、字号、行业、组织形式依次组成。分公司的名称需要冠以总公司的名称，并标明“分公司”字样。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》 第十四条
公司可以设立分公司。设立分公司，应当向公司登记机关申请登记，领取营业执照。分公司不具有法人资格，其民事责任由公司承担。
公司可以设立子公司，子公司具有法人资格，依法独立承担民事责任。
《中华人民共和国公司法》 第三条
公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。
