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长期股权投资若涉及到股权转让等应税凭证，印花税一般按照“产权转移书据”税目缴纳，税率为价款的万分之五。纳税义务人为立据人，通常在书立应税凭证的当日发生纳税义务，并应按规定进行申报缴纳。
要明确印花税的应税范围。在长期股权投资过程中，如果存在股权转让协议等产权转移书据，就属于印花税的征税范围。根据《中华人民共和国印花税法》规定，“产权转移书据”包含土地使用权出让书据、土地使用权、房屋等建筑物和构筑物所有权转让书据（不包括土地承包经营权和土地经营权转移）、股权转让书据（不包括应缴纳证券交易印花税的）以及商标专用权、著作权、专利权、专有技术使用权转让书据。
对于税率，“产权转移书据”的印花税税率为价款的万分之五。例如，甲公司将其持有的乙公司股权以1000万元的价格转让给丙公司，那么甲公司和丙公司作为立据人，双方都需要缴纳印花税，应纳税额为1000万×0.05% = 5000元。
关于纳税义务发生时间，是纳税人书立应税凭证的当日。也就是说，当股权转让协议签订的当天，纳税义务就产生了。
在申报缴纳方面，纳税人可以通过电子税务局等渠道进行印花税的申报。实行按季、按年计征的，纳税人应当自季度、年度终了之日起十五日内申报缴纳税款；实行按次计征的，纳税人应当自纳税义务发生之日起十五日内申报缴纳税款。
如果是证券交易印花税，其税率和缴纳方式有所不同。证券交易印花税对证券交易的出让方征收，不对受让方征收，税率为成交金额的千分之一。而长期股权投资中一般的股权转让书据不属于证券交易印花税范畴，应按照上述“产权转移书据”的规定缴纳印花税。
法律依据：
《中华人民共和国印花税法》 第一条
在中华人民共和国境内书立应税凭证、进行证券交易的单位和个人，为印花税的纳税人，应当依照本法规定缴纳印花税。
在中华人民共和国境外书立在境内使用的应税凭证的单位和个人，应当依照本法规定缴纳印花税。
《中华人民共和国印花税法》 第四条
印花税的税目、税率，依照本法所附《印花税税目税率表》执行。
